對菓子而言，保持水份安定、預防離水或乾燥就能使品質安定，維持如同剛出爐的新鮮感及濕潤感，也不會破壞美味。我們都知道將起泡後的鮮奶油放置冰箱後便會產生離水，但若加入適當糖度的海藻糖(加糖10%以上)的話，可以變的十分安定而不會產生離水(參考圖A)。即使冷藏也能維持形狀、增加其耐凍性。

菓子的保水性與各種糖類維持原有水分的能力及糖濃度有關。寒天凍若離水便會變得白濁，因此透明度越高的果凍表示保水力越佳。此外，糖濃度增加後也能使透明度提高，使用海藻糖的會比使用砂糖或單糖類的透明度更好(參考圖B)。比較同樣糖濃度的產品，加入海藻糖的保水力也比其他糖類產品高。

圖A 香堤奶油餡的離水性比較

由於近年來的低糖傾向，香堤奶油餡加糖量在8%以下的情況也很常見。將只添加6%的砂糖與6%的砂糖加上同量的海藻糖共12%的奶油泡芙做比較，數小時後前者產生離水而後者可抑制離水。

圖B 依照糖度、糖質比較寒天凍的透明度

<圖1>比較砂糖在不同濃度下寒天凍的透明度，顯示糖度增加透明度也為之增加。

<圖2>是同樣糖度但不同糖類比較。海藻糖的透明度最高，可知同樣糖濃度下海藻糖的保水性最好。

海藻糖最大的特徵是擁有與水的鏈結。海藻糖的保水性、水合性與其分子構造有關。海藻糖分子內的OH基(氫氧基)皆是親水性的已烷，而且與葡萄糖類α、α-1、1-glucosid(配糖體)的連結十分堅固。因為海藻糖在水溶液中的構造比單一糖類更可製造安定的親水基緣故(參考圖C)。這也是海藻糖擁有獨特黏度的原因。

最近的研究指出海藻糖的周圍有一部分沒有被第一水合屋包覆的部份。海藻糖在這缺口會與疏水性化合物相互作用。因此，海藻糖擁有保水性，又如同「抑制油脂酸敗」所述，也可以讓脂肪酸這種安定在水中無法溶解的物質保持安定。此特性是其他糖類所沒有的。 

在菓子中添加海藻糖除了提高麵糊的安定性，同時直接預防乾燥、抑制硬化。像奶油蛋糕等會在表面產生白色斑點的砂糖結晶體便是硬化的表現，但海藻糖不僅可以提高保水性，還可抑制砂糖再次結晶，砂糖結晶被抑制便可維持品質、延長保存期限。且以抑制乾燥的觀點來看，如同「抑制澱粉老化」所述，若澱粉老化也會使得澱粉的保水力下降而引起乾燥，海藻糖的保水性及抑制澱粉老化的雙重效果便可有效預防菓子乾燥。

圖C 海藻糖與水的鏈結
因海藻糖為親水性分子結構，可牢固地保水。而砂糖的某部份為不易親水性，因此保水力較差。