海藻糖具有可與不飽和脂肪酸的順式雙鍵相互作用的構造。由於海藻糖本身的α、α-1、1-glucoside(配糖體) 結合部分穩定不易活動、翻轉,較不會從結合部分脫落。也就是說,海藻糖比起其他醣類更具有保護不飽和脂肪酸的能力,因此可使酸化分解較為緩和,有效地抑制揮發性乙醛的產生。
海藻糖 Trehalose 抑制蛋白質變性的應用特性-由於海藻糖不會與胺基酸反應,所以不會產生褐變。因海藻糖沒有與胺基酸反應的還原末端。相反的,像蜂蜜中含有的葡萄糖或果糖等單醣類則有還原端,加熱後會與胺基酸及蛋白質反應而產生褐變。這也是蛋白質變性的一種,也就是產生焦黑、烤焦的現象。
海藻糖最大的特徵是擁有與水的鏈結。海藻糖的保水性、水合性與其分子構造有關。糖濃度增加後也能使透明度提高,使用海藻糖的會比使用砂糖或單糖類的透明度更好。比較同樣糖濃度的產品,加入海藻糖的保水力也比其他糖類產品高。